Para consolidar la integración entre Ecuador y Perú y atender las graves limitaciones que agobian a sus pueblos, En la ciudad de Brasilia, el 26 de octubre de 1998, los Excelentísimos señores Jamil Mahuad Witt, Presidente de la República del Ecuador y Alberto Fujimori Fujimori, Presidente de la República del Perú, firmaron el Acta Presidencial de Brasilia, con la cual dejaron constancia formal de la conclusión definitiva de las diferencias que durante décadas han separado a sus dos países.
En el acta consta el Acuerdo Amplio de Integración Fronteriza, Desarrollo y Vecindad, que constituyen en esencia, una redefinición de la naturaleza y las relaciones entre ambos países fronterizos, convirtiéndose en socios estratégicos que encaran juntos, mediante la cooperación y la integración fronteriza, retos comunes de orden social y económico.
La voluntad y decisión política de los Gobiernos y Presidentes de ambos países, han posibilitado que el Plan Binacional, Capitulo Ecuador, continúe su gestión hasta el 2024.
Mediante Decreto Presidencial Nro. 1465 del 2 de diciembre de 2008, la Secretaria Nacional de Planificación y Desarrollo SENPLADES, ha sido designada como la institución responsable de la aplicación del Plan Binacional, Capitulo Ecuador.
En la ciudad de Quito, el 25 de enero de 2010, Lautaro Pozo Malo, Ministerio de Relaciones Exteriores, Comercio e Integración (e), junto a Marcelo Torres Paz, Director Ejecutivo (e) de Plan Binacional de Desarrollo de la Región fronteriza Capítulo Ecuador, firmaron el Acuerdo, mediante el cual en su Artículo Décimo Sexto se establece a la ciudad de Machala como la nueva sede de Plan Binacional.